侧柏为常绿乔木,树冠尖塔形。小枝扁平,排成一平面,两面同形,绿色,无毛。叶鳞形,交互对生,排列紧密,4-5对,长1.2-3毫米,先端微钝,背面中部有腺体;小叶线形,先端锐尖,上面亮绿色,下面淡绿色,中脉明显。雌雄异株,球花单生于短枝顶端,雄球花黄色,椭圆状卵圆形,雄蕊5-6对,交互对生,各有2花药,药隔显著;雌球花紫红色,球形,径约2厘米,具3对交互对生的珠鳞,中间1对珠鳞的腹背两侧各有1个大而显著的腺体。种子近球形,径约1厘米,暗褐色,外被白粉。花期4月,球果翌年10月成熟。